O curso de doutoramento em Ciência e Tecnologia de Alimentos é ainda um projecto.
O objectivo principal é capacitar recursos humanos (docentes, investigadores e profissionais na área da Ciência e Tecnologia de alimentos) com domínio no campo de caracterização de alimentos, segurança e qualidade de alimentos, tecnologia/processamento de alimentos, nutrição e insegurança alimentar, bem como gerar conhecimentos que contribuam para o desenvolvimento científico e tecnológico da área de alimentos de forma transversal, está em elaboração o prograam de Doutoramento em Ciência e Tecnologia de Alimentos na UEM/Faculdadee de Engenharia. 
O programa enquadra-se na missão da UEM de ser uma instituição para produzir e disseminar o conhecimento científico e promover a inovação através da investigação, aliada aos desafios do desenvolvimento sócio-económico do país, na sua estratégia e política de desenvolvimento industrial. 
A abertura do curso de Doutoramento em Ciência e Tecnologia de Alimentos é baseada no facto de ser uma área onde a investigação básica e/ou aplicada encontra-se dentro das áreas prioritárias definidas pelo Governo de Moçambique  e a existência, na UEM, de diversos cursos de mestrado na área alimentar, principal fonte para o recrutamento de pessoal para frequentar o curso, com destaque para os cursos de Mestrado em Química e Processamento dos Recursos Locais (Faculdade de Ciências), Mestrado em Segurança de Alimentos (Faculdade de Veterinária) e Mestrado em Tecnologia de Alimentos (Faculdade de Engenharia). Outros cursos a este nível, nesta área e áreas afins são também leccionados noutras instituições nacionais de Ensino Superior públicas e privadas.