A Faculdade de Engenharia é uma unidade orgânica da Universidade Eduardo Mondlane, dotada de autonomia pedagógica e científica no âmbito dos cursos que ministra e de autonomia administrativa, patrimonial e financeira relativamente aos seus próprios recursos dentro dos limites legais. A Faculdade de Engenharia goza, igualmente, de autonomia regulamentar e disciplinar dentro dos limites legais.
 
Breve Historial
 
A Faculdade de Engenharia foi fundada em 1962 com uma estrutura de chefia centralizada, com cada curso associado a um Departamento específico. Logo após a Independência, os departamentos assumiram o estatuto de Faculdade com um corpo directivo não centralizado mas com uma coordenação inter-faculdade. 
Esta estrutura permaneceu até 1980, quando a estrutura foi de novo mudada para a situação de 1962.Em 1962 existiam 4 cursos, nomeadamente Engenharia Civil, Engenharia Electrotécnica, Engenharia Mecânica e Engenharia Química. No início, os cursos duravam 6 anos sendo os 3 primeiros anos virados para matérias gerais-básicas e os últimos 3 anos, para disciplinas de Engenharia, incluindo disciplinas de gestão. 
Em 1970 a duração do curso foi encurtada para 5 anos, com os dois primeiros anos virados para matérias gerais- básicas.
As horas de ensino foram estendidas e as disciplinas eram tipicamente semestrais ao contrário de anuais como eram em 1962. Dois novos cursos foram introduzidos em 1970 Engenharia de Minas e Engenharia Metalúrgica. Estes novos cursos não duraram muito visto serem de longa duração (5 e 8 anos respectivamente).
 
Actualmente, a  Faculdade de Engenharia é composta por cinco departamentos académicos, nomeadamente Departamento de:
 

Cinco departamento não académicos:

e um Centro de Estudos de Engenharia - Unidade de Produção (CEE-UP)

No conjunto dos seus Departamentos, a FEUEM oferece oito cursos de licenciatura, nas áreas de Engenharia Civil, Engenharia Eléctrica, Engenharia Electrónica, Engenharia Informática, Engenharia Mecânica, Engenharia de Gestão Industrial, Engenharia Química e Engenharia do Ambiente.
 
A Faculdade de Engenharia oferece também os seguintes cursos de Pós-Graduação:
  • Mestrado em Hidráulica e Recursos Hídricos;
  • Mestrado em Tecnologia de Alimentos;
  • Mestrado em Engenharia de Petróleo;
  • Curso Preparatório para o Mestrado em Engenharia de Petróleo;
  • Curso de Especialização em Segurança no Trabalho.