O Mestrado em Engenharia do Petróleo lecionado pela UEM é um mestrado académico composto por 8 disciplinas essenciais, seminários e uma dissertação como forma de culminação do curso. Os conteúdos das disciplinas do mestrado centram-se basicamente nas 4 áreas elementares de ciências geológicas, sistemas de perfuração, engenharia de reservatórios e engenharia de produção. A estrutura e os conteúdos das matérias do curso foram configurados à semelhança de outros cursos de mestrado em Engenharia do Petróleo de instituições de referência de outras partes do mundo. Assim, os graduados possuem um nível profissional suficientemente elevado para competirem com os graduados de outras universidades reputadas do Mundo. Os conteúdos do mestrado são administrados integralmente na Língua Inglesa, em concordância com alguns padrões internacionais para este ciclo de formação. Para além de doutorados moçambicanos, participaram no leccionamento das disciplinas do curso, Professores de renome de várias universidades norte-americanas (Colorado School of Mines, Houston, Texas A & M, Texas Tech, Penn State, Tulsa). O curso de Mestrado é precedido por um ano de Curso Preparatório para candidatos que não possuam formação na área dos petróleos. O programa de pós-graduação em Engenharia do Petróleo na UEM arrancou em 2013.